为适应学校改革和发展的需要，促进学校整体建设和发展目标的实现，经党委常委会研究，学校决定以《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》为指导，实施校、院系年度预决算管理体制改革。4月2日，校长办公会议（党政联席会议）审议通过了《复旦大学校、院系年度预决算管理体制改革实施方案（试行）》。
据悉，通过校、院系实施预决算管理改革，将改变现行的以职能部门为主、按“条”分配资金的预决算管理模式。院系将成为预决算执行主体。各类资金将尽可能整合成“块”直接下达给院系，由院系自主统筹安排预算的资金分配，以增强院系办学自主权和办学活力。推行这一模式，将加快管理重心下移，形成以“微观激活、宏观调控”为特征的校、院系两级管理体制。
学校根据合理分工、相互制约、充分发挥专家作用的原则，逐步建立、健全由预决算决策、预决算执行、预决算监督三方面组成的管理体制。校长办公会议作为最高管理决策机构，对预决算承担最终的决策与管理责任，并负责批准学校预决算方案。预决算工作委员会的秘书机构设在发展规划处。财务处负责接受校内各单位递交的预算申请、预算草案编制和预算下达等具体业务工作。各院、系是最终的预决算执行单位。审计处则负责对预算执行情况和财务决算实施审计监督。
本次改革将建立更为科学合理的预算编制流程，可概括为“四上四下”。一是预决算工作委员会提出年度预算编制建议草案，上报党委常委会审议。党委常委会根据年度工作重点，决定预算年度内资金的投入重点和方向，形成指导性意见，并下达给预决算工作委员会。
二是预决算工作委员会通过财务处向各预算执行单位下达编制预算通知。各预算执行单位按时编制预算并上报财务处，由财务处初审汇总形成预算草案。
三是发展规划处召集预决算工作委员会对预算草案进行审议，并通过财务处将审议意见反馈下达给预算执行单位。各单位修改后通过财务处上报预决算工作委员会。
四是预决算工作委员会将审议通过的预算方案报校长办公会议批准，然后以校发文件形式向各单位下达预算执行通知。
学校对于核拨给院系的有关经费，原则上分为日常与专项两大类进行管理。凡是属于日常经费的，在经预决算工作委员会审议通过，并经学校批准后，尽可能整体下达给院系。院系在下达的预算限额范围内，自主安排确定经费的具体用途，并以院系年度预算的形式报预决算工作委员会审议通过。下达给院系的专项经费，原则上根据“211工程”、“985工程”等不同专项资金的管理要求进行管理。
校、院系预决算管理体制改革是学校综合改革措施中的一项重要内容。为确保改革的顺利推进，学校一方面将通过制定《复旦大学预算管理办法》、《复旦大学预决算工作委员会章程》等制度，从宏观上具体指导改革方案的落实与推进；另一方面将通过制定《985工程三期资金管理办法》等资金使用管理办法，以及《复旦大学会计人员委派制》制度，在进一步细化学校对院系资金管理要求的同时，为院系实施预决算管理提供必要的配套保证。